Entradas
anteriores:
La
gente que trabaja en el laboratorio somos especialmente dados a abusar de la
jerga de nuestra profesión (y no me refiero a un trozo de tela gruesa y tosca).
El tipo de lenguaje que en el laboratorio nos puede llegar a ser familiar pero
que saca de sus casillas al resto del mundo porque en ocasiones más que jerga
se convierte en jerigonza.
Seguimos con nuestras palabrejas de laboratorio para que
cuando escuchéis a un friki de
laboratorio… sepáis sobre que habla y no os deje con la boca abierta.
La semana pasada os
prometí que os contaría cómo corre un científico después de ligar (bueno, sobre
todo corre calle abajo de la discoteca si no consigue ligar).
Correr
Según la RAE, hay
bastantes formas de correr. Está desde el que corre deprisa, el que deja correr
el tiempo y hasta gente que corre de verdad, dejando entre paso y paso los dos
pies en el aire (sino sería hacer marcha como Paquillo Fernández claro).
Pero tan rápido no
hombre, que te vas a descoyuntar (Figura de la exposición de The bodies
realizada por Gunther Von Hagens)
En el laboratorio
corremos algo diferente a como están acostumbrados los lectores, es mas, no
corremos nosotros para ser sinceros, corren las máquinas. ¿Y cómo corre una máquina?
Pues os pongo la diferencia para que la veáis.
Esta es la PCR que está corriendo
Y esta la que está parada... iguales? No, eso es, una está encendida y la otra no.
Cuando decimos que
vamos a poner a correr un gel, una PCR u otra cosa, en realidad nos referimos a
que vamos a poner a funcionar algo, vamos a resolver o separar algo.
Así por ejemplo cuando
hablamos de geles de ADN o de proteínas, nos referimos a que vamos a coger las
proteínas o el ADN que los tenemos todos juntos y los vamos a introducir en una
matriz gelificada que nos hará las veces de tamiz molecular para separar
(generalmente por tamaño) nuestro material.
Geles de ADN
El gel
macroscópicamente es una gelatina de agarosa a la que le hemos hecho unos
agujeritos (pocillos) con forma cuadrada para poner embeber en ellos nuestra
muestra de ADN. Cuando sometemos el gel a una fuerza eléctrica, nuestro ADN
que está cargado negativamente, se mueve hacia el polo positivo a través del
gel. A nivel microscópico, los fragmentos más grandes de ADN avanzarán mas
lento por entre los poros del gel y los más pequeños irán más rápido. Por eso
en la imagen hay bandas iluminadas más arriba y otras más abajo. A la izquierda
del todo hay un montón de bandas que parece ocupar todo el espectro de tamaño;
Es lo que se llama un marcador o Leader cuyas bandas son de tamaño conocido y
podemos compararlas con las nuestras para ver si el tamaño es adecuado. Cuando
tenemos esta imagen, podemos decir que hemos corrido un gel (pero no sobre el
gel porque se rompe).
Los geles de
proteínas son parecidos pero hechos de poliacrilamida. Son algo más finos y nos
valen para separar proteínas.
De nuevo tenemos
muchas bandas. Las de arriba corresponden a proteínas de mayor tamaño y peso y
las de abajo son proteínas más pequeñas ¿Cuánto más grandes o pequeñas? Pues es
fácil si las comparamos con el marcador de peso molecular o Leader que tenemos en
el centro de las columnas. Esas marcas pequeñas son de tamaño conocido. Si os
fijáis bien, hay bandas más anchas y gordas que otras. Esas bandas tienen más
concentración, es decir, hay más proteínas de ese tamaño y por tanto se
acumulan todas ahí. Lo mismo ocurre con el ADN.
Y como nos gusta
generalizar, pues generalizamos con casi todo. Cuando pongo un autoclave a
esterilizar… pones el autoclave a correr. Si pongo una PCR (que explicaré en
otro momento lo que es para quien no lo sepa, pero adelanto que es una técnica
que sirve para tener miles de copias de ADN a partir de muy pocas), la pongo a
correr y hago otra cosa. No se si en todos los laboratorios se utilizará de
esta forma la palabra correr, pero al menos para mi es bastante intuitivo que
si algo corre es que funciona, que se mueve, que trabaja.
Para saber más
sobre geles de Agarosa o de que están coloreadas las bandas de proteínas… no
dudéis en visitar La paleta de colores del pinto molecular de Jindetres
y Esta cachonda entrada sobre Lemmings
¿Vamos con otra
palabra? Corre, corre, corre.
Vortear e
Invertir
En los laboratorios
(sobre todo los de biología molecular) solemos trabajar con volúmenes muy
pequeños y con concentraciones y cantidades exactas. Por tanto es muy
importante que todo esté bien mezclado, homogéneo y que si yo cojo 1.5
microlitros (0.0015 mililitros y 0.0000015 L ) sea de la enzima o proteína que yo
quiero y no solo del agüilla en el que está.
Una forma de que la
mezcla de lo que sea esté bien homogénea es invertir el tubo varias veces. Esto
no es complicado, es simplemente darle la vuelta al tubo repetidas veces y
listo.
Un momento. ¡Que
curioso!, estoy buscando una foto donde se vea mejor y he puesto en el buscador
“Invertir en ciencia”… Y no sale nada.
Bueno, os imagináis lo que es darle la
vuelta a un tubo con la mano.
Cerrándolo primero Claro
Pero si de verdad
queremos algo muy homogéneo, estar seguros de que lo que cojo es una muestra
representativa de lo que tengo en el tubito, lo que debo de hacer es vortear o
vortexear. ¿Y eso como se hace? Pues con un vortex, ¡CLAROOO!
Un vortex o
agitador vortex no es otra cosa que una cacharro que al presionarlo o bien al
darle a un botón, se mueve muy rápido y en forma circular, de modo que si pones
un tubo encima como en la imagen… se crea una corriente circular dentro del
tubo a mucha velocidad que te asegura que todo queda extremadamente homogéneo y
bien removido. Si cuando acabes se te
quedan gotas en la pared, siempre puedes meterlo en la centrífuga unos segundos
para que todo se vaya al fondo de nuevo. Ya todo va tomando sentido ¿Verdad? Es lo que se denomina dar un spin a una muestra.
Solemos utilizar
palabras como, agita bien eso, vortexea durante rato o dale un meneo a ver si
se resuspende (que no es suspender otra vez sino devolver por ejemplo un pellet
a su estado inicial de disuelto). Si vais leyendo las entradas sobre Jerga de
Laboratorio en orden, todo va tomando sentido.
Desnaturalizar y
Renaturalizar
Hay algo que
hacemos a diario en el laboratorio que es Desnaturalizar algo o Renaturalizar
algo. Generalmente nos referimos a proteínas o ADN.
La idea es bastante
sencilla si lo pensáis. Una proteína de forma Natural tiene una conformación o
plegamiento o folding determinado. Podéis visitar esta entrada,
O esta otra para aclarar ideas.
Esto es una
representación dibujada del plegamiento de una proteína (en concreto la
Mioglobina). Los aminoácidos que forman parte de esta proteína en realidad
recorren el esqueleto que se ve ahí y lo hacen formando estructuras en forma de
hélice, de lámina, de bucle, etc. Para mantener esa conformación o plegamiento,
las proteínas se valen de sus propiedades de apetencia por el agua (en el núcleo
interior de la proteína están los aminoácidos que no gustan de contactar con el
agua (hidrofóbicos) y en el exterior aquellos a los que le gusta un poco más
(hidrofílicos). Además hay fuerzas como enlaces de hidrógeno, puentes disulfuro
y otras que actúan para que la proteína tenga una determinada forma.
Ahora bien, si yo
incremento la temperatura, la vibración de las moléculas que forman parte de la
proteína serán mayores, los enlaces se desestabilizarán y la proteína perderá
su forma natural, es decir, se DESNATURALIZARÁ. Se puede hacer con productos químicos
en lugar de calor y lo mismo sucede con el ADN, pero el principio es el mismo,
se pierde la forma natural y por tanto la función.
Si volvemos a bajar
la temperatura o quitamos el agente químico desnaturalizante, generalmente la
proteína o el ADN vuelven a su estado nativo. Se dice que se ha RENATURALIZADO.
Seguro que ustedes
desnaturalizan proteína en casa a diario. ¿O qué creen que están haciendo
cuando fríen o cuecen un huevo?
¡Que rico un huevo
frito!, sobretodo cuando comienza a hacer reacciones de Maillard Entrada donde explico lo que es la reacción de Maillard
Yo creo que ya os
he dado bastante la murga por ahora. Os dejo para que penséis un poco en estas
palabras y las meditéis.
Y ya sabéis, cuando
hagas una tortilla, mézclese muy bien (aunque no hace falta que llegues a
vortexear), desnaturaliza sus proteínas y hazle reacciones de Maillard así to
ricas y cuando pongas los huevos en la sartén, déjalos correr un rato.
Se siguen
admitiendo ideas y preguntas para esta prolífica sección que espero os esté
gustando. Un saludo a todos.
Otro acierto amigo, son términos más que habituales. Por cierto lo de "invertir en ciencia" ha sido brutal. Qué alegórico, el google.
ResponderEliminarMuchas gracias por las menciones oiga, la verdad es que con todo lo que escribimos se complementa formando una especie de "manual de laboratorio", voy a recomendarle tus entradas a nuestro lector Pedro que luego le manda a sus alumnos que se lean el blog y les pregunta en los exámenes XD
En realidad si pones recortes en ciencia te salen miles de noticias y manifestaciones... pero si, ha sido un golpe de chispa, como todos los golpes que se asestan a la investigación en esto días.
ResponderEliminarCiertamente cuando entre el siguiente becario en el laboratorio lo tendré un par de días leyendo nuestras entradas para que se vaya haciendo a las palabras y las técnicas jejeje. Y a Pedro, si tiene a bien leer estas entradas, pues es absolutamente bienvenido, claro que si.
Gracias por el comentario Dr.